东南亚野生动植物资源丰富，拥有全球25个“生物多样性热点地区”中的至少六个——这些地区物种高度集中，同时面临极其严重的濒危风险。该地区拥有全球20%的脊椎动物和植物物种，以及全球第三大热带森林。
除了现有的生物多样性外，该地区还拥有惊人的物种发现速度，仅在1997年至2014年间就有超过2,216个新物种被描述。
全球比较并不容易，但湄公河地区的物种发现速度似乎高于热带地区的其他地方，每年有数百个新物种被描述。
栖息地丧失
东南亚的生物多样性正面临严重威胁；预计该地区部分地方在未来九年内将失去多达98%的剩余森林。该地区也被认为是全球哺乳动物受威胁最严重的地区。
令人遗憾的是，全球媒体经常忽视该地区脆弱的生物多样性。与其他热带地区相比，该地区的生态学和生物多样性研究发表数量也较少。因此，东南亚的森林砍伐率位居全球最高之列或许并不令人意外：过去15年间，该地区已有14.5%的森林消失。
菲律宾等一些地区的原始森林覆盖面积已减少多达89%。借助卫星图像技术的最新进展，这种损失显得尤为触目惊心，例如Google Earth Timelapse显示，过去十至二十年间，许多地区已从原始森林变为农田。
森林损失是该地区物种减少的主要驱动因素之一，而纸浆和造纸、橡胶及油棕生产是森林砍伐的主要原因。东南亚出口全球86%的棕榈油和87%的天然橡胶。为满足截至2024年的需求，这些作物的种植面积预计将扩大430万至850多万公顷。
大多数新种植园直接来自雨林砍伐，而在东南亚投资的企业在全球可持续性排名中位列末尾。新近成立的森林与金融倡议报告称，2010年至2015年间，东南亚“森林砍伐高风险”行业获得的投资超过387.6亿美元。
实际上，人们几乎不可能避开这些产品。2015年，棕榈油消费量达到6,110万吨，成为全球消费量最大的油类，而且这一数字还在上升。旨在防止进一步毁林并确保认证棕榈油可持续性的认证工作也已证明困难重重，未能阻止森林砍伐。
旨在认证可持续棕榈油和天然橡胶生产的两项倡议——可持续棕榈油圆桌会议以及“绿色橡胶倡议”——未能兑现其承诺，没有保护好自然栖息地。
新种植园仍在持续推动天然雨林遭到破坏，也危及依赖这些生态系统生存的物种。在某些情况下，这些倡议最终采用了“适得其反的激励措施”，反而鼓励森林砍伐。例如，补贴为将森林转为农田提供资金，助长森林清理；又如免费提供橡胶种子，用以取代天然森林。
大坝、湿地与采矿
森林砍伐并非该地区栖息地丧失的唯一驱动因素；东南亚规划建设的大坝数量也超过地球上其他任何地区。大坝虽然常被视为“绿色能源”，却会导致生物多样性丧失，并因生计受损而削弱农村经济。
目前，湄公河三角洲规划建设78座大坝。如果建成，预计湄公河的洄游鱼类数量将减少20%至70%，还会淹没重要栖息地并造成区域性干旱。湄公河拥有全球最高的淡水生物多样性，如此多物种可能灭绝，将构成全球性灾难。
预计湄公河渔业还将为超过6,500万人提供食物。鱼类资源减少将直接影响整个地区居民的收入和饮食。
亚洲湿地排水带来了另一系列危险，尤其因为湿地对超过5,000万只迁徙涉禽至关重要；这些鸟类依靠湿地迁徙和繁殖。
东南亚约80%的湿地面临因排水而被改作农田或用于开发的威胁。多达45%的潮间带湿地已经消失。迄今为止，这已导致部分涉禽物种的种群数量减少多达79%。
采矿是另一个常被忽视的问题，对生物多样性构成重大威胁，尤其威胁到喀斯特地貌（石灰岩露头和洞穴）。这类地貌在东南亚约占800,000平方公里。据悉，每个这样的生态系统都栖息着十多种地球上其他地方没有的物种。
但这些地点大多从未经过调查。据估计，中国多达90%的洞穴物种尚未得到科学描述。该地区其他地方可能也存在类似比例的未分类物种。
这些喀斯特生态系统正面临严重威胁。水泥直接取自喀斯特生态系统；仅2011年至2013年间，中国使用的水泥就达66亿吨，超过美国有记录以来的水泥使用总量。中国人均年水泥用量约为1.5吨，占全球水泥年需求量的60%以上。
喀斯特地区在保护区中的占比不足，加之大多数喀斯特栖息物种仅分布于单一地点，因此无法得知每年有多少物种因此灭绝。
狩猎与贸易
该地区生物多样性面临的另一项威胁是非法野生动物贸易。这项贸易的年价值约为200亿美元，是全球规模第四大的非法贸易。
在东南亚，狩猎是许多物种未来生存面临的最大威胁；体重超过2公斤的本地哺乳动物很少能在保护区外存活。狩猎构成对所有物种的威胁：犯罪集团搜寻并贩卖高价值物种，较小的物种则被用于药用、食用或娱乐。
亚洲的野生动物贸易可分为三大类：用于药用；用于彰显身份（在野生动物餐馆食用或作为装饰品）；以及宠物、动物园和水族馆贸易（主要涉及鸟类、爬行动物和两栖动物）。
越南和中国的传统医药威胁着种类繁多的物种，其中最突出的是穿山甲，它是全球遭非法贩运最多的动物。令人遗憾的是，药用濒危物种的现象丝毫没有减弱的迹象
。象牙等因身份象征和装饰用途而遭捕猎的物种，曾有名人发起保护宣传；然而，许多其他动物和植物未能获得足够关注，无法阻止过度开发。其中一些如今正面临灭绝。
野生动物宠物和动物园贸易，尤其是针对爬行动物、两栖动物和鸟类……最近受到关注，因为人们发现，许多曾被认为是人工繁育的物种实际上是野外捕获的。由于被捕猎用于贸易，它们的种群数量已大幅下降。
东南亚独特的生物多样性正受到威胁，原因是该地区的栖息地丧失率位居世界前列，同时物种也遭到直接的过度开发。即使森林仍保持完整，其中的生物多样性也在不断地被猎杀殆尽。
尽管尽职尽责的研究人员和自然保护工作者正努力防止这些问题，但未来几十年，东南亚仍将有许多特有物种灭绝。届时还会有多少物种存续，取决于保护和可持续发展措施是否成功。
