荧光蛋白如何照亮科学

荧光蛋白如何照亮科学
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抬头仰望蓝天时,你是否会想,夜晚看到的星星去了哪里?它们还在那里,只是我们看不见。萤火虫掠过田野,白天我们看不见它,到了夜晚却能轻易发现它闪烁的光。同样,活细胞内的蛋白质、病毒、寄生虫和细菌,在正常条件下肉眼都看不见。但一种利用荧光蛋白的技术,能像微型手电筒一样,照亮细胞内分子的运作机制。

自然界中发现的第一种荧光蛋白来自维多利亚多管水母, Aequorea victoria,它负责产生其光器官发出的绿光。这种蛋白名为绿色荧光蛋白(GFP)。我们不知道这些水母为何具有这种发光特性。

荧光蛋白吸收蓝光等短波长光线,随即以另一种颜色、波长更长的光线(例如绿光)将其释放出来。在 Aequorea victoria中,一种名为水母发光蛋白的蛋白质会产生蓝光,绿色荧光蛋白则将其转化为水母光器官发出的绿光。在标准条件下就能看到这种现象极为罕见;大多数其他生物的荧光蛋白只有在外部蓝光源照射下才可见。

继绿色荧光水母蛋白之后,人们又在自然界发现了许多其他荧光蛋白,也在实验室中创造出许多种类。如今,我们拥有一系列荧光颜色,可让此前不可见的生物结构和过程以绚丽的荧光呈现出来。依托这些颜色的新应用也在不断发表。

培养皿中的细菌菌落表达着不同颜色的荧光蛋白。 
Paul Steinbach 和 Roger Y. Tsien,加州大学圣迭戈分校, CC BY-SA

为成像照亮道路

荧光蛋白技术还促成了许多有趣的新进展,旨在利用这些发光分子改进成像技术。

CaMPARI 是一种新技术,是 calcium-modulated photoactivatable ratiometric integrator(钙调控光激活比率积分器)的缩写。神经细胞发送信号时,钙浓度会发生变化;利用这一点,CaMPARI 能够 让所有曾经放电的神经元发光 ,从而在活体生物中进行观察。这项技术基于一种名为 EOS 的荧光蛋白,它会由绿色荧光变为红色荧光。在果蝇、斑马鱼和小鼠中,经过 CaMPARI 基因改造的神经元若处于活跃状态就会发出红光,活跃程度较低时则呈绿色。

幼年斑马鱼脑中的 CaMPARI 荧光;洋红色神经元是在鱼自由游动时标记的活跃神经元。
Looger 实验室(HHMI/Janelia),《科学》,第 347 卷,第 6223 期。

在 CaMPARI 出现之前,所有可用的荧光钙指示剂都只会在神经元放电时暂时发亮。它们无法记录神经元的放电历史,也无法指示神经元过去是否放电过。参与 CaMPARI 开发的研究人员之一 Loren Looger 表示:“这项技术最重要的优势或许在于,实验过程中不必把生物体放在显微镜下。因此,我们现在可以 观察神经活动 ,比如观察在培养皿上爬行的蝇类幼虫,或在容器中游动的鱼。”

扩展并透明化大脑

即使借助荧光蛋白发出的光,要对深藏在大脑中的神经元进行成像仍然很困难。麻省理工学院神经科学家 Ed Boyden 创造了一种扩展大脑的方法,让深处的荧光神经元更容易观察。他使用丙烯酸酯形成致密网状结构,将大脑固定在原位,并使其在遇水时扩展, 从而使大脑 在各个方向上均匀膨胀约 4.5 倍。这很像尿布遇水后膨胀。Boyden 认为,这种“扩展显微术或可成为进行 全面、精确、覆盖整个神经回路的大脑绘图的一项关键工具。”

CLARITY 处理前后的完整成年小鼠大脑。
Deisseroth 实验室

扩展显微术如此有用的原因之一,是大脑可以先变得透明,再被放大数倍。2013 年,斯坦福大学的 Karl Deisseroth 和 Viviana Gradinaru 发表了一种名为 CLARITY 的方法,该方法能去除脂肪等不透明分子, 使大脑变得透明 ,同时不改变其形状。美国国家精神卫生研究所所长 Thomas Insel 表示:“这或许是数十年来 神经解剖学研究领域最重要的进展之一 。”在将 CLARITY 用于大脑之后,Gradinaru 又把这一方法扩展到所有其他器官,包括 整只小鼠。

这两种方法都可用于经过荧光蛋白基因改造的大脑,从而观察深藏在大脑中的神经元。

由 GFP 标记的小鼠神经元。
Wellcome Images, CC BY-NC-ND

2008 年,三位科学家因从水母中提取 GFP,并将其发展为全球超过一百万项实验中常用的工具,获得了 第 100 届诺贝尔化学奖。2014 年,另外三位科学家因利用荧光蛋白 提高光学显微镜的分辨率而获得诺贝尔奖。

革命性且坚韧不屈

自荧光蛋白于 1994 年首次用于成像技术以来,我一直在研究其光化学和光物理学;我已 为此撰写了两本书 ,但它这种相当简单的蛋白质仍能有如此多样的用途,依然让我惊叹。质粒 DNA 分子编码 GFP,并在太空飞行后仍能存活——这或许不该令我惊讶。它们并非位于火箭内部,而是在外部暴露于 1800F(1000C)的高温和剧烈摩擦之中。在 TEXUS-49 火箭任务中,有意放入螺钉头内的 DNA 中,53% 在返回地球后被置入细胞时,表达出了完全荧光的 GFP 。

如同夜空中的星星,荧光蛋白在过去 20 年里一直照亮着科学。不久之后,它们将引导外科医生在手术中找到肿瘤组织,并帮助研究人员选择性地开启和关闭生物分子过程。

本文与 The Conversation合作发表。发表本文并不代表世界经济论坛认同其中观点。

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作者:Marc Zimmer,化学教授及研究院长,任职于 康涅狄格学院

图片:多种荧光蛋白照亮人类脑干中的细胞。Jeff Lichtman/哈佛大学。

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