DNA想要什么?

DNA想要什么?
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自从发现DNA编码遗传信息以来,关于生命进化的研究一直聚焦于其遗传起源。牛津大学进化生物学家理查德·道金斯(Richard Dawkins)沿着这种“基因优先”的思路,在其著作《 自私的基因 》中提出,细胞和生物体的进化,不过是为了成为更高效地保护和传递基因的载体。

然而,这种基因优先的观点忽略了许多重要因素。除了含有基因的染色体,所有细胞还共有三种细胞器(即内部结构):核糖体,含有将遗传信息翻译成蛋白质的机制,而蛋白质负责执行细胞的各项工作;细胞膜,有选择地允许物质进出;以及酸性钙小体,储存并调节驱动生命化学反应的离子。

我们质疑“自私基因”这一概念,转而提出:如果细胞成分中有“自私者”,那一定是核糖体。我们认为,细胞乃至DNA本身的进化,都是为了优化核糖体的功能。这一观点颠覆了我们对细胞生命及核糖体自身进化的一切既有认识。

DNA想要什么?

我们是在一次父女合作中萌生这一想法的。当时梅雷迪思正在重读罗伯特1989年的著作《 发现》。读到一半时,梅雷迪思抬起头问:“DNA想要什么?”

将分子拟人化听起来或许奇怪,但事实上,这是罗伯特在书中提出的一种发现策略。此外,科学家常用一句科学界的简略说法来表达自私基因理论:“DNA想要复制自身。”

化学家在将分子拟人化时会使用另一种比喻。他们说,分子“想要处于能量最低的构象”。这意味着,分子和人一样,会经历许多位置变化,但总会回到静止位置。

DNA的静止状态是紧密盘绕,使其基因无法被接触。静止状态下的DNA极其稳定,能够保护基因长达10,000年甚至更久,因此科学家能够从 冷冻猛犸象中提取DNA。这不是一种渴望散播基因的分子,而是一种想要通过紧密盘绕成团来保存基因的分子。

我们据此推想,细胞中想要复制基因、并将其转化为构成具有功能的细胞的蛋白质的结构,是核糖体。核糖体的静止状态是:“我已准备好将DNA翻译成蛋白质。”核糖体“想要”将基因转化为发挥作用的分子。

核糖体想要什么?

于是,仿照“自私基因”理论,核心问题变成了:核糖体会不会“想要”制造自身的副本?如果核糖体想要复制自身,那么它们就会拥有实现这一目的的手段。

要理解核糖体复制自身需要什么,就有必要了解一些核糖体结构和功能的信息。核糖体由蛋白质和RNA组成。RNA在结构上类似DNA,并有三种不同形式。其中一种是核糖体RNA(rRNA),它构成结构支架,蛋白质排列其上,从而形成发挥功能的核糖体“机器”。这台“机器”利用另外两种RNA制造蛋白质。信使RNA(mRNA)从DNA转录遗传信息,并将其携带至核糖体。转运RNA(tRNA)则将mRNA的信息翻译成氨基酸;这些氨基酸在核糖体上串联起来,形成蛋白质。

如果核糖体“想要”制造自身的副本,那么构成核糖体机器核心结构的rRNA就必须具备功能。要做到这一点,rRNA必须包含三种要素。首先,它必须包含编码自身核糖体蛋白质的“基因”,以便形成一台可运作的“机器”。其次,它必须包含将自身遗传信息传递给这台“机器”所需的mRNA。最后,它必须编码将mRNA翻译成蛋白质所需的tRNA。

在近期发表于《 理论生物学杂志》的一篇论文中,我们表明,rRNA确实包含一些残余片段,即编码其自身蛋白质结构和功能的mRNA、tRNA及“基因”的遗迹。核糖体并非教科书所描述的、被动翻译基因的结构。我们认为,核糖体是简单的前生物分子与单细胞LUCA(最后共同普遍祖先)之间缺失的环节;LUCA被认为是地球上的第一个生命体。

DNA的进化,是为了保存和保护最初编码在rRNA中的信息。细胞和生物体的进化,是为了优化核糖体的复制;而核糖体在所有物种中几乎相同。或许,自私核糖体的观点为我们对其他生物的亲近感赋予了新的含义。我们都只是核糖体栖居的不同类型家园。

本文由 The Conversation合作发布。文章发表不代表世界经济论坛认同其中观点。

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作者:罗伯特·鲁特-伯恩斯坦(博士,普林斯顿大学)是密歇根州立大学生理学教授。梅雷迪思·鲁特-伯恩斯坦是奥胡斯大学生物科学系博士后研究员。

图片:这幅DNA双螺旋结构的艺术家插图未注明日期,由美国国家人类基因组研究所于2012年5月15日发布给路透社。路透社。

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